對於開票結果，總統蔡英文於今晚7點30分，發表了談話。她表示，無論今天參與公投的民眾，投下的是同意或不同意票，都是公民意志的展現，「正如我所說的，公投沒有誰輸誰贏的問題，只有國家未來要怎麼走的問題。」
蔡英文強調，本次公投，傳達出4個明確訊息，第1，台灣人民希望走向世界，願意積極參與國際；第2，台灣人民支持能源轉型，期待穩定供電，並維持經濟成長的動能；第3，台灣人民重視生態環保，希望經濟和環保能夠達成雙贏；第4，台灣人民期待公共政策能夠資訊透明，被理性的討論。
她指出，在這次公投中，也傳達出一些對政府施政的不同意見，但「民主本來就會對政府的施政，有不同的想法，政策的規劃，也應該要聽取不同的意見。」蔡英文允諾，會將各種想法，適當地納入政策評估和規劃中，「藻礁保育、食安把關，我們絕對不會打折扣。」
蔡英文也對副總統賴清德、行政院長蘇貞昌、民進黨立院黨團總召柯建銘、執政團隊成員，以及參與公投說明會的專家學者，表達謝意，並強調，雖然許多公民團體，一開始對政策有不同的意見，但終究能夠透過討論，找出共識，也證明了，台灣的民主，是奠基在一個成熟的公民社會之上。
蔡英文說，這次的公投再度見證，透過民主機制，不同的意見，可以互相溝通、說服，人民的意志，也可以凝聚出價值的選擇，執政團隊會秉持人民的託付，繼續全力以赴，讓台灣一天比一天更好。
而在蔡英文發表談話之前，國民黨主席朱立倫，也針對公投結果，發表了公開談話。他認為，國民黨和他本人，努力不夠，才會導致這樣的結果，「作為在野黨，我們要跟民眾、在野力量站在一起，團結所有在野力量，才有辦法對抗獨裁的政府。」
朱立倫強調，身為黨主席，他會承擔這個責任，並努力把戰友找回來，而不是找戰犯。
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