行政院為了撲滅外界對雞蛋食安疑慮，頻頻親上火線回應。行政院發言人林子倫9月28日指出，現在架上已無進口雞蛋，網路部分貼文指涉綠色雞蛋為政府進口壞掉的雞蛋，並非正確資訊；行政院長陳建仁3日受訪也說，經過中央、地方的聯合稽查均未發現問題。
衛福部、農業部迄今為止全面稽查，無論是國內市售雞蛋、或是前端的洗選廠、倉儲業進行稽查均符合規定。
衛福部食藥署9月16日宣布推動「加強市售雞蛋稽查專案」，至年底展開加強市售雞蛋稽查專案，針對全國各通路雞蛋進行查核，包括外裝檢查及標示等項目，預計查核4000件；抽驗，檢驗動物用藥殘留，將持續加強市售雞蛋預計抽驗320件。
食藥署4日例行記者會，公布最新稽查數據，食藥署副署長林金富指出，從9月14日至10月3日期間，共稽查市場通路雞蛋3781件外觀和標示，目前全數合格；稽查雞蛋動物用藥殘留90件，其中有79件確定符合規定，目前仍有 11件檢驗中。
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▲根據衛福部食藥署最新稽查數據，9/14~10/3共稽查市場通路雞蛋3781件的外觀及標示，目前全數合格。衛福部提供
食藥署日前也呼籲民眾如果有發現問題可以撥打食安專線1919或向縣市衛生局檢舉，從9月1日至10月3日近一個月時間，共計接獲三通民眾來電，反映雞蛋相關議題。
林金富舉例，有民眾在9月14日反映在基隆買到問題雞蛋，但自己已經丟掉，「他只是來抱怨一下，沒有希望後續處理，也沒有留下資料，我們沒有辦法去追蹤。」其餘兩案同樣也只有反映問題，但並未留下聯絡方式。
針對前端雞蛋稽查，農業部表示，為輔導業者建立符合食安要求的管理方式，9月19日至21日配合衛生福利部聯合輔導16家洗選廠及13家倉儲業者，已完成洗選廠業者有關效期標示、文件保存、倉儲管理等事項內容之輔導，業者配合佳。
另外，倉儲均為貨架式管理，其架位管理、溫度管理等均符合規定；對於逾期蛋品均有明確標示及設置專區存放。
農業部日前強調，目前5,400多萬顆到期雞蛋，是專案進口雞蛋搭配建立滾動安全庫存；待去化的進口雞蛋，全數封存於中央畜產會倉庫，並透過倉儲管理單位針對廢品儲位同步做出貨系統鎖單控管，除完整標示「報廢品待銷毀」，也依規定整板包膜，不會流入國內市場販售，請消費者可安心。
待去化之進口雞蛋，將由中央畜產會委託專業禽畜糞堆肥共同處理場，採多元循環再利用方式製作有價值之堆肥，已盤點足夠量能，預計招標作業完成後，依照排程目標約六周達成，委託之堆肥場皆是合法設立，不會對環境造成汙染。
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